2003年7月11日，中国疾控中心召开了SARS防治工作阶段总结大会。中心直属各单位领导班子成员及其副高职称以上业务人员，中心机关全体工作人员参加了会议。中心领导领导班子出席了总结会。中心党委书记朱志南主持了大会，中心主任李立明作了阶段性总结报告。
　　 李主任从我国SARS流行的基本特征、中国疾控中心在SARS防治中的主要工作、中国疾控中心存在的不足、SARS防治中暴露的更深层次的问题以及今后工作的打算等5个方面对中心的工作进行了全面的报告。
　　 中国疾控中心在卫生部的领导下，在这次SARS防治中，充分发挥了自己的职能作用，出色完成了党和政府赋予的使命。中国疾控中心在卫生部领带下，开展了一系列的工作，虽然面临诸多困难，但是，从早期传染病预防控制策略的制定到近期科学规范防治SARS措施的建议，从实验室技术支持到现场防治指导，从流行病学到病原学研究，从技术方案制定到全国培训，从国际合作到公众健康教育等，充分发挥了其职能和作用。但是，也应当看到自己在这次SARS防治工作中的不足。总结经验，展望未来，我们应当进一步加强全国疾病预防控制工作，特别是加强今冬明春SARS的防治工作。
　　 作为刚刚成立一年多的中国疾控中心，在经历SARS考验以后，其职能的重新定位与机构改革应当更加完善和符合中国疾控国情。在下一步工作中中国疾控中心将加速检测系统建设和应急队伍建设，在改革中完善自身职能，更加明确定位，更加明确自己的发展方向。
　　 朱志南书记在大会总结中强调：我们除了进一步做好SARS后期的所有工作以外，还要重点做好近期在我国部分地区暴发的乙脑和南方洪水带来的疾病防治工作。中心全体员工要继续保持SARS防治工作中的高昂斗志，丝毫不能懈怠，要时刻保持高度警惕以防止此类疫情的蔓延，全方位为保障人民健康服务。